
Die US-Geheimdienste waren im Zusammenhang mit den Anschlägen vom 11. September 2001 und den nie gefundenen Massenvernichtungswaffen im Irak kritisiert worden. Die Untersuchungskommission zum 11. September hatte schwerwiegende Mängel vor allem hinsichtlich des Informationsaustausches festgestellt.
Der künftige Geheimdienst-Chef hat allerdings nicht die Befugnis, in geheime CIA-Operationen einzugreifen. Für die Kontrolle der Spionagesatelliten und -flugzeuge ist weiterhin das Verteidigungsministerium zuständig.
Negroponte stand seit 1960 im diplomatischen Dienst der USA. Kritik fand vor allem seine Tätigkeit als US-Botschafter in Honduras von 1981 bis 1985. Während dieser Zeit wurde die US-Militärhilfe für das mittelamerikanische Land von vier auf 77 Millionen US-Dollar aufgestockt, das für seine Morde, Folterungen und Menschenrechtsverletzungen berüchtigte Bataillon 316 der honduranischen Armee aufgerüstet und vom Militär kontrollierte Todesschwadronen gegen „Aufständische“ eingesetzt.
Unter Negropontes Amtszeit in Honduras fällt auch die Einrichtung der El Aguacate Luftwaffenbasis, in der die USA nicaraguanische Contras ausbildeten. Der Stützpunkt war nach Berichten von Menschenrechtsorganisationen ein geheimes Gefangenenlager und Folterzentrum. Im Jahr 2001 wurden dort die Leichen von 185 Menschen entdeckt, darunter zwei US-Amerikaner.
Präsident George W. Bush ernannte Negroponte im Jahr 2001 zum Botschafter bei den Vereinten Nationen. Seit 2004 leitete er die US-Botschaft im Irak.




